La SLNE se rige, como la Sociedad de Responsabilidad Limitada ordinaria, por la Junta General de socios y por el órgano de administración.

La Junta General es la asamblea que reúne a todos los socios y es el órgano soberano para regir la vida de la sociedad.

La principal diferencia con la Junta General de la Sociedad de Responsabilidad Limitada ordinaria radica en la forma de convocatoria pues la Sociedad Limitada Nueva Empresa puede convocarse de la forma habitual a todas las Sociedades de Responsabilidad Limitada ordinarias y también mediante correo certificado, con acuse de recibo, al domicilio que hayan señalado los socios o a través de correo electrónico; en cuyo caso deberá acreditarse que se ha enviado tal mensaje.

En estos dos últimos casos, no será necesario publicar la convocatoria de la junta ni en el Boletín Oficial del Registro Mercantil (BORME) ni en alguno de los diarios de mayor circulación del término municipal del domicilio social.

Los administradores representan a la sociedad, en juicio y fuera de él. Si son varios esta representación podrá ser solidaria o mancomunada. Esto significa que la representación la ostenta uno cualquiera de ellos, en el caso de la solidaria, y dos cualesquiera de ellos cuando la representación sea mancomunada.

Los administradores, que necesariamente tienen que ser socios, podrán ser retribuidos y la duración del cargo es indefinida.